在毕设系统中进行查重时，并不一定是通过知网查重工具。毕设系统可能采用多种查重方式，包括但不限于知网查重。毕业设计查重的关键在于确保学术诚信，选择合适的查重工具能够提高查重效率和准确性。因此，毕设系统里的查重方法会根据具体情况而定，有时可能会使用知网查重工具，有时则会选择其他适合的查重方式。

知网查重是一种常见的查重工具，但并非毕设系统里唯一的查重方式。毕设系统中的查重操作可以通过多种途径进行，包括但不限于知网查重。学生在编写毕业设计时，应根据学校或教师的要求选择合适的查重工具，以确保学术诚信。因此，并不是所有的毕设系统里的查重都是通过知网查重工具进行的，具体情况需根据学校或教师的要求而定。